螺桿式冷凍機的潤滑部位有：凸凹螺桿（亦稱陰陽轉子）的轉動嚙合部；轉動的螺桿與殼體的相對滑動表面；螺桿前后的滑動軸承；主動螺桿的平衡活塞及軸端的機械密封摩擦面。在上述潤滑部位均開有與壓力油相通的油口。在能量調節閥上或殼體上開設的大小不同、相隔一定距離的油孔可使潤滑壓力油直接噴射到轉子上，即可冷卻潤滑轉子和殼體，又可對運動部位的間隙進行密封，以減少被壓縮氣體的泄漏，并降低運轉噪聲。
　　
　　由于調壓閥調節的潤滑油的壓力通常比冷凝壓力高0.2-0.3MPA，潤滑油量可相當于冷凍機輸氣量的1%-2%。潤滑泵可直接用轉子本身驅動，也可做成外傳動式的。通常都將油分離器作為潤滑系統的油箱。目前應用較廣的是離心—重力型和填料—重力型的油分離器。
　　
　　此外在螺桿式冷凍機中也多采用二級油分離器，二級油分離器分離出的潤滑油可利用吸、排氣壓差不經油泵直接被壓送到吸氣腔，對軸承、平衡活塞等處進行潤滑。在該種潤滑系統中普遍采用著列管式油冷卻器，使油溫保持在20-50℃，冷卻介質可用水或冷凍機自身的制冷劑來蒸發冷卻潤滑油。潤滑系統中的精過濾器的進出口壓差不應超過0.1MPa，否則應清洗或更換濾芯。